Elektroniske Lab Notebooks (ELNs)

Erfaringer fra eLabBook-projektet, en aktivitet drevet af DM Forum

Her finder du retningslinjer og ”bedste praksis” baseret på implementering af ELN-systemer i de deltagende forskergrupper i eLabBook-projektet (henholdsvis DTU, KU og AU). Endvidere deles materialer fra workshops, der præsenterer resultaterne.

Hvad er en ELN?

En Elektronisk Lab Notebook (ELN) er en software, der efterligner den traditionelle laboratorienbog af papir, som mange forskere bruger i deres daglige arbejde.

Brug af en elektronisk version af laboratoriebogen har en række fordele:

  • Dokumentation af eksperimenter og data indsamlet i laboratoriet bliver øjeblikkeligt digitaliseret, registreret og opbevaret, hvilket forhindrer utilsigtet tab af dokumentation.
  • Det sikrer læsbarhed af forskellige skrivestiler.
  • Dokumentationen af ​​eksperimenter bliver mere konsekvent.
  • Søgbarheden af eksperimentelle data forbedres.
  • Det faciliterer samarbejde.
  • Det giver projektledere mulighed for at få et bedre overblik over forskellige projekter og deres fremskridt.

Tilgængelige ELN-produkter

Det er et stigende udlbud af ELN-software på markedet, hvor forskere kan finde open source- og kommerciel software, ELNs med integration af Laboratory Information Management Systemer (LIMS), ELNs orienteret til en specifik forskningsdisciplin eller let tilgængelige generiske værktøjer, tilpasset til at blive brugt som ELN (f.eks. OneNote, Evernote, SharePoint osv.). Der er så mange muligheder at det er blevet overvældende at vælge en ELN. 

Udgangspunkt når man leder efter ELNs

Forskningsinstitutioner og biblioteker forsøger at lette forskernes opgave, når de vælger en ELN. Harvard Biomedical Data Management og The Gurdon Institute of Cambridge University har udarbejdet en meget omfattende oversigt over forskellige ELN-software der er til rådighed, samt deres hovedfunktioner. Dette kan bruges som udgangspunkt, når man leder efter en ELN-løsning.

Overvejelser ved valg og implementering af en ELN

eLabBook-projektet viste, at det er meget vanskeligt (hvis ikke umuligt) at anbefale en ELN-løsning uden at undersøge forskningsarbejdet til brugergruppen. Dette skyldes den høje mangfoldighed af krav i forskellige forskningsdiscipliner, eller nogle gange også i nært beslægtede discipliner.

Hvad skal man overveje når man vælger en ELN?

Der er en række erfaringer i dette projekt, som kan opsummeres i en liste med overvejelser, som forskere eller institutioner kan bruge som vejledning ved valg og implementering af en ELN-software:

  • Tag dig tid til at tænke over dine motivationer til at implementere en ELN-løsning i din gruppe/afdeling.
  • Tag dig tid til at identificere de funktioner, som ELN-systemet skal have for at facilitere dokumentationen af forskningsdata; hvad ville det være rart at have, og hvad du definitivt ikke har brug for.
  • Stil spørgsmålet: Er det relevant for mig/min forskningsgruppe, at dataene gemmes på lokale servere eller i clouden? Tænk over sikkerhedskrav til fortrolig data, personlig data osv.
  • Tænk over uddrag af data fra ELN-systemet. Mange kommercielle ELN-software giver mulighed for at uddrage data kun i PDF-format. Dette giver mulighed for opbevaring på lang sigt, men vil ikke give mulighed for at flytte dataene fra et system til et andet, hvis du skifter til en anden ELN-software.
  • Når du har indsnævret dine behov, skal du undersøge og teste (hands-on) mindst 2-3 systemer. Det er vigtigt, at det værktøj du vælger er intuitivt nok og nemt integreres i dine arbejdsgange.
  • Hvis du vælger en kommerciel software, skal du sammenligne priser og hvilken form for support der ydes for denne pris. Nogle kommercielle udbydere er villige til at lave gode tilbud afhængigt af antallet af brugere.
  • Hvis du vælger en open source software, skal du undersøge, om der er et stærkt fællesskab af udviklere, der opdaterer softwaren og yder support.

Implementeringsstrategi

Hvis du sigter mod at implementere ELN-software i din forskningsgruppe eller afdeling, skal du udover at vælge den rigtige software tænke på en implementeringsstrategi, hvilket også vil betyde investering af ressourcer (tid). Som en del af implementeringsstrategien bør du overveje:

  • Den tilgængelige IT-infrastruktur i laboratorierne
  • Forberedelse af en advokatkampagne
  • Forberedelse af vejledningsmateriale om hvordan man bruger og hvordan man ikke bruger værktøjet
  • Etablere uddannelse af nykommere som led i introduktionsprogrammet til gruppen/afdelingen etc.
  • Hvis du vælger at være vært for en ELN på din lokale server, skal du tænke på nødvendige ressourcer til administration af softwaren

Evaluering af ELN-produkter

Hvordan vælges en ELN, der tilfredsstiller forskernes behov? Her findes deling af viden og erfaringer.
Du kan finde case-rapporter under "Use Cases fra AU, KU og DTU".

Beskrivelse af eLabBook-projektet

Aktiviteten eLabBook er et samarbejdsprojekt inden for rammerne af National Research Data Management Forum (DM Forum), der løb fra september 2016 til april 2018. I projektet har forskningsgrupper fra Københavns Universitet (KU), Aarhus Universitet (AU) og Danmarks Tekniske Universitet (DTU) testet, og i nogle tilfælde implementeret, forskellige ELN-software.

Formålet med projektet var at undersøge udvælgelseskriterier og implementering af ELNs til support og dokumentation af indsamling, behandling og analyse af forskningsdata inden for en række forskellige videnskabelige områder, samt at evaluere integrationen af ELNs i et bredere udvalg af forskningens arbejdsgange.

Du kan læse mere om projektets resultater her.

 

Evaluerede ELN-produkter

Offentliggørelsen af resultaterne indsamlet under dette projekt, er beregnet til at hjælpe forskere, der ønsker at etablere et ELN-system i deres gruppe/afdeling for at lære af andres erfaringer.

Følgende evaluerede ELN-software blev valgt af forskningsgrupperne der deltog i projektet:

  • Labguru: Kommerciel ELN-løsning leveret af BioData (Digital Science). Softwaren integrerer ELN- og LIMS-funktionaliteterne, som gør det muligt at lave links, f.eks. mellem laboratorieprøver og eksperimenter. Alle poster i notebooken er automatisk tidsstemplet. Det er muligt at vidne til eksperimenter. Flere oplysninger findes her
  • Confluence: Software til kommercielt indholdssamarbejde leveret af Atlassian. Det er ikke designet som en ELN i sig selv. Softwaren tilbyder en høj fleksibilitet til tilpasning og muligheden for at tilføje relevante apps for at udvide dens funktionaliteter. Prisfastsættelsen afhænger af, om der er valgt cloud eller self-hosted storage. Flere oplysninger findes her
  • Biovia: Kommerciel ELN-software leveret af Dassault Systèmes. Biovia ELN er en del af en komplet række værktøjer til dokumentation af laboratorieprocesser. Alle poster i notebooken er automatisk tidsstemplet. Det er muligt at vidne til eksperimenter. Biovia ELN tilbyder integration med forskellige kemiske tegningsværktøjer, hvilket letter registreringen af kemiske strukturer og reaktioner. Flere oplysninger findes her

Se Cases fra AU, KU og DTU

Materiale fra workshops (f.eks. præsentationer)

Revideret 12/10/20