Supercomputer er ankommet til Odense

Syv rackskabe fyldt med knap 400 computere blev før nytår leveret til Syddansk Universitet (SDU) i Odense. Computerne er forbundet i et højhastighedsnetværk, så deres regnekraft kan kombineres. Supercomputeren bliver hjertet i DeiC Nationale HPC Center (High Performance Computing) ved SDU. Den indvies den 24. marts 2015.

Hardwaren er på plads, og leverandørerne IBM og Lenovo er nu ved at lægge den sidste software ind. Det drejer sig blandt andet om styresystemet CentOS, der er baseret på Linux. Når det er klaret, tager SDU’s lokale it-folk over.

”Vi regner med at få de første testbrugere på i slutningen af marts. Efter yderligere en måneds tid kan forskere begynde at bruge systemet for alvor,” siger Jens Svalgaard Kohrt, der er akademisk medarbejder ved IT-service på SDU.

Han og hans kolleger trækker på erfaringerne fra det supercomputerudstyr, SDU har haft i nogle år. Men den nye computer er den hidtil største på universitetet.

Computer med 9.408 kerner

Supercomputeren er opbygget af 392 såkaldte noder, der hver udgør en komplet computer med to processorer, RAM og SSD-disk. Noderne kommunikerer med hinanden via højhastighedsteknologien InfiniBand.

Processorerne har flere kerner, så supercomputeren i alt består af 9.408 kerner. Det giver den en teoretisk ydeevne på 582,2 teraflop/s. Den samlede hukommelse er på 52,5 terabyte RAM.

Foruden den indbyggede lagerplads kan computeren også gemme data i et eksternt storagesystem med en kapacitet på en petabyte.

Når en forsker skal bruge systemet, skal vedkommende som regel levere et program, der kan køre uden input undervejs. Typisk kører programmet i nogle timer, hvorefter det leverer et svar i form af data, som forskeren kan arbejde videre med.

”Vi tilbyder nogle standardprogrammer til blandt andre biokemikere, der skal folde molekyler. Andre forskere skriver deres egne programmer,” fortæller Jens Svalgaard Kohrt.

Nye brugertyper

Han venter, at maskinen blandt andet vil blive brugt til de traditionelle opgaver for supercomputere: Numeriske simuleringer af naturvidenskabelige problemstillinger.

”Men vi håber, at vi kan få flere ind fra humaniora og samfundsvidenskab. De områder har ikke tradition for at bruge HPC, men vi satser på at få nogle pilotprojekter i gang,” siger han.

Derfor venter han også, at brugergruppen bliver anderledes end ved den forrige HPC-installation. Her var brugerne erfarne og selvhjulpne, hvor det nye system også skal tilbydes til mere uerfarne brugere.

”Hvis det kører godt, planlægger vi at udvide installationen med en fase to om et år. Vi bruger erfaringerne fra brugen det første år til at afgøre, hvordan udvidelsen skal sammensættes. Det handler for eksempel om, hvorvidt vi primært skal have flere standardnoder eller udvide med flere noder med grafikprocessorer,” siger Jens Svalgaard Kohrt.

DeiC Nationale HPC Center er finansieret af DeiC, SDU, Aarhus Universitet og Aalborg Universitet. Danmarks øvrige universiteter har skrevet under på en interessetilkendegivelse om at anvende faciliteterne.