Forskere i cellemembraner får regnetid hos PRACE

Et hold forskere på Syddansk Universitet har fået tildelt regnetid på en stor supercomputer i Schweiz.
Af
02/05/2017 08:05

Projektet FLEXO skal undersøge en teori om funktionen af de celler, der er grundlaget for alt liv. Bag projektet står et hold på en halv snes forskere på Syddansk Universitet under ledelse af lektor Himanshu Khandelia.

"Alle celler er omgivet af en tynd membran. Vi forsker i, hvad membranens krumning betyder for dens elektrostatiske potentiale. Det har betydning for, hvordan cellen kan signalere til andre celler," siger Himanshu Khandelia.

Nanostørrelse kræver modellering

Da cellemembraner er nede i nanometerstørrelse, er det ikke muligt at iagttage deres opførsel ved eksperimenter. Derfor er forskerne i stedet nødt til at modellere dem i en computer. De opbygger modeller af proteinerne i membranen og ser, hvordan de opfører sig under forskellige forhold.

PRACE (Partnership for Advanced Computing in Europe) har tildelt FLEXO-projektet 18 millioner kernetimer på den schweiziske supercomputer Piz Daint.

"Vi analyserer et aspekt af cellemembraner, som ingen har undersøgt på denne måde før. Hvis vores teser er korrekte, vil det ændre væsentligt på videnskabens opfattelse af signaltransmission i en organisme," siger Himanshu Khandelia.

Han venter ikke umiddelbart, at forskningen fører til patenter. Men hvis teserne holder, vil der komme spændende videnskabelige artikler ud af kørslerne på supercomputeren.

Gratis regnetid på Cray-supercomputer

PRACE tildeler regnetid ud fra den videnskabelige kvalitet af projektansøgningerne. Da Danmark deltager i PRACE-samarbejdet via DeiC, er det gratis for forskerne at udnytte den regnetid, de får tildelt.

Inden de ansøgte, foretog forskerne nogle beregninger på DeiCs supercomputer Abacus 2.0. Data herfra indgik i projektansøgningen til PRACE.

Piz Daint er en Cray XC30-computer, der består af 5.272 noder. Hver node er udstyret med en 64-bit Intel SandyBridge CPU med otte kerner, en NVIDIA Tesla K20X GPU med seks GB GDDR5 memory, samt 32 GB generelt arbejdslager.

Læs mere